1、第一阶段：系统整体论的诞生—从机械分割占据统治地位到整体性系统思维方式的形式与确立。在人们的视野中，不再简单地把世界、宇宙看成是可以任意拆卸与组装的大机器；世界是由一个由其相互作用着的各部分要素结合在一起的有机整体，这在人类的认识史上确是一个质的飞跃。
2、第二阶段：从封闭系统到开放系统。仅仅把世界、宇宙和事物看作是系统还是不够的，还必须区分是封闭系统还是开放系统。不错，从分割论或机械论模式进入到有机整体的系统模式是一个大突破，但人们开始只把系统看作是一种封闭的孤立系统。封闭系统理论虽然认识到系统内部各要素之间的联系和相互作用，但它忽视了与其环境间没有物质、能量和信息之间的交换，因此这种系统只能是一种死的有机体，它只能维持暂时的平衡与稳定，而活的有机体必须是一种开放系统。从创新的角度上看，任何一个创新组织除了组织内部各要素的相互作用之外，还有与环境的互动，才能成为一个开放系统。这大致相当于第三代创新模型：链环—回路模型。
3、第三阶段：系统的自组织性“自组织是动力学原理，它是构成了生物的、经济的、社会的和文化的结构的丰富多彩的形式世界的基础。”自组织系统是指“无需外界特定指令而能自行组织、自行创生、自行演化，能够自主地从无序走向有序，形成有结构的系统。”在当前创新研究中越来越多涉及到自组织理论。最后是复杂适应系统。复杂适应系统是从构成论转向生成论。它强调是演化、突现与生成，一旦创新系统引入复杂适应系统，用演化、突现与生成来研究并实施创新，弥补原有创新系统那种静态的时间维缺失，进入动态过程，创新必将形成一个新阶段。
