近年来连续发生的海洋赤潮，面积大、周期长，严重破坏了海洋生态系统，给旅游业、渔业和水产养殖业造成了巨大损失。因此，对海洋赤潮发生区域及时进行监测，可以有助于政府和相关部门采取相应措施，减少赤潮带来的经济损失，对保护海洋生态环境也具有重要意义。
监测标准
1、国家标准GB 3097—1997 海水水质标准 GB 12763.2 海洋调查规范海洋水文观测 GB 12763.3 海洋调查规范海洋气象观测 GB 12763.6 海洋调查规范海洋生物调查 GB 17108 海洋功能区划分技术导则 GB 17378.1 海洋监测规范第1部分:总则 GB 17378.2 海洋监测规范第2部分:数据处理与分析质量控制 GB 17378.3 海洋监测规范第3部分:样品采集,贮存与运输 GB 17378.4 海洋监测规范第4部分:海水分析 GB 17378.7 海洋监测规范第7部分:近海污染生态调查和生物监测 GB 18421—2001 海洋生物质量
2、海洋行业标准HYT069-2005 赤潮监测技术规程
监测目标
1、赤潮监测的总目标是为了及时准确了解赤潮发展的现状和趋势，保护海洋生态系统，保障人体健康和生命安全，减轻和避免有害藻华对海水养殖、捕捞渔业、滨海旅游等海洋产业的损害，防止和减轻海洋赤潮灾害造成的损失，并为赤潮的预测、早期预警系统的建立提供服务。
2、赤潮监测目标一般分为两大类： 海洋生物资源管理监测：包括贝类资源;鱼类资源和珍稀濒危物种资源的管理监测； 海洋环境质量管理监测：包括娱乐水体和底质质量管理、对自然生态系与公共健康的保护的管理监测；
监测项目
1、观测项目：赤潮位置与范围、可视性采样、色、味、嗅、漂浮物；
2、水文气象要素：海表水温、水色、透明度、盐度、海况、海流流速、流向、日照、光衰减率、风速、风向、气温、气压、天气现象、雨量、河流径流量；
3、生物学要素：浮游植物(赤潮藻类)种类及数量、底栖微藻(赤潮藻类)种类及数量、其他赤潮生物(纤毛虫类等)、底泥孢囊、浮游动物种类及数量、底栖生物(养殖生物)种类及数量、叶绿素a、异养细菌总数；
4、赤潮毒素：麻痹性贝毒(PSP)、腹泻性贝毒(DSP)、神经性贝毒(NSP)、失忆性贝毒(ASP)、西加鱼毒素(CFP)；
5、水化学要素：pH盐度、溶解氧、活性磷酸盐、活性硅酸盐、亚硝酸盐-氮、硝酸盐-氮、氨-氮、油类、铁、锰、海水中维生素B1、海水中维生素B12；
监测报告
1、海洋赤潮监测(预警)报告应包括以下全部或部分内容。依据监测目的、内容和具体要求,可对下列章节及内容适当增减。前言、 监测方案、监测内容与检测分析、分析与评价；
2、跟踪监测、 赤潮灾害（显性）评估、赤潮监测结果的综合分析与评价、监测监视数据报表；
