1、刺激作物生长：菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
2、减轻病害：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。
3、提供生长环境：能松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
4、提供营养：有益菌刺激有机质释放营养。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
5、使用方法：微生物菌肥作追肥进行冲施时，因自身营养含量不是太高，若单用则可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以最好与化肥混合使用。
