学院有三个层次的收费，不同层次收费不同。
二本专业：5000元/年。三本专业：1、文史、理工类专业：10000元/年；2、艺术类专业：12000元/年；高职（专科）：文史、理工类专业： 8000元/年。
奖助学金：
学院一直将资助贫困生作为重要工作来抓，千方百计筹集资金，制定实施了一系列措施，建立了以“奖、助、贷、勤”为主体的资助体系，开展“一个都不能少”助学活动，“不让任何一个学生因经济困难而辍学”是云南工商学院对社会作出的郑重承诺。
近年来，学院先后为民族发展扶持班投入400多万元，投入自强奖学金200多万元。学院还引入合作企业、优秀校友，目前在校内设立各类奖学金10余种，累计发放100余万元奖学金，资助500余名贫困学子顺利完成学业。
2017年，学院与民进中央开明慈善基金会设立“一个都不能少”扶贫助学项目，项目金额达252.7万元。
