1、1,皱诣愚继样本制备 尽快解离获得的新鲜组织样本,制备成细胞单分散悬浮液,若时间不允许,可使用组织保存液对其进行低温运输或保存,保存条件为4 ℃冷藏但不可冻结,保存时间最多48 h; 建议通过预实验优化不同类型组织酶解的最佳条件,以提高组织解离获得的细胞总数量;细胞团、组织碎片或细胞碎片会导致计数不准确,杂质颗粒可能会造成芯片上的微流通道被堵塞,致使GEM制备失败,应使用细胞滤筛、死细胞去除(磁珠)试剂盒、碎片去除试剂盒等提高样本纯度和活性;若样本含有大量的红细胞,应使用红细胞裂解试剂进行红细胞去除;仪器捕获率为65%,上机分选样本需要根据细胞浓度和目标捕获数计算,并将样本浓度尽量调至官方推荐最佳上样浓度范围(700-1200 个/uL)。
2、2,样本保存制备好的样本应时刻置于碎冰上保持活性等质量,细胞悬浮液确定达标后应尽快上机(<30 mins),敏感脆弱细胞类型尤其需要注意实验时间;推荐将样本重悬于1x PBS(无钙镁)+0.04% BSA环境中(清洗也使用此体系),经官方验证可对细胞进行重悬的替换Buffer或培养基如下所示:几乎无影响:DPBS、HBSS;影响较小:EMEM+10% FBS、DMEM+10% FBS、IMEM+10% FBS、RPMI+10% FBS、Ham's F12+10% FBS、1:1 DMEM/F12+10% FBS。
3、3,实验细节上机前应进行样本清洗,细胞数目特别少时,可仅离心清洗一次,但必须保证去除钙镁离子和EDTA,建议使用宽口枪头吹打细胞以保证活性,可向PBS中添加0.04% BSA减低细胞结团率;离心回收细胞时,一定要使用可控温平转子离心机,并调低离心机减速时的加速度(4-5),根据细胞尺寸大小等特征调节转速和时间(一般不超过400 Xg,5 mins)。
4、4,生信分析流程测序数据质量统计(比对基因组、基因表达定量)→ 细胞过滤与标准化→细胞亚群分类 → 差异基因筛选 → 差异基因功能分析(GO、KEGG)→标记基因筛选PS:信息来自网络,如侵立删。