1、农民工劳动合同签约率低、社会保障不到位。很多用人单位不与农民工签订劳动合同，也不为农民工缴纳社会保险。找律师网解释不签劳动合同，一旦发生纠纷，农民工往往缺少证据证明劳动关系的存在而败诉。至于不缴纳社会保险，也经常是在农民工离开工作单位时才以诉讼方式向单位主张。仲裁、诉讼是事后救济，是维护权利的底线，劳动合同是实现底线正义的基础，而对农民工来说，这样的基础也总是一再得不到保障。一方面，我国的劳动力市场仍然属于买方市场，农民工找工作不容易，在劳动关系中处于弱势地位，不得不接受单位的恶劣用工环境；另一方面，有些地方政府及相关部门因服务于当地经济建设的需要，尚存在一种保护、偏袒用人单位的倾向和心态，在维护农民工权益及劳动执法上难以做到客观上的公正。正是由于这种外部客观环境的不利影响，用人单位侵犯农民工合法权益的现象极其普遍。
2、仲裁诉鳘滩钕厕讼程序调查取证难、索赔难、执行难。农民工的一个高度密集的就业单位是建筑工程单位，这些单位在发包建设工程时经常存在层层茌慊瑞谷转包的现象，而当农民工尤其是外地农民工与用人单位发生争议时，这些单位对于农民工的维权要求往往相互推诿扯皮，或者根本不予理睬。在农民工聘请的法律援助律师调查取证时不仅不予以配合，人为设置障碍，甚至还有对律师进行暴力威胁的。法律猫指出很多农民工在发生纠纷后不懂得如何收集、保全证据，对于除劳动合同外，如何证明劳动关系的存在缺乏基本的概念，导致即使有法律援助律师的介入也已经很难胜诉。农民工受到侵害后，企业和雇主会千方百计为自己开脱，拒不出证，一些农民工在遭遇侵权后还不信任企业所在地法律援助机构，返回家乡或通过家属向家乡法律援助机构申请法律援助，延误了维权期限。另外，在强制执行环节中，由于涉及农民工的案件数量多，而且被执行方往往在拖欠工资后逃匿，因此虽然胜诉也难以保证执行到位，也使农民工的维权在效果上降低了他们对司法机关的期望。
3、仲裁诉讼维权的时间成本和经济成本仍然较高，不能很好地维护农民工的权益。2008年开始我国出台了新的《劳动合同法》以及相关的实施细则和司法解释，对于劳动者的保护有了大幅度的提高，对用人单位在劳动合同的签订、履行、解除、举证责任等各方面增加了更加严格的约束。但是这些法律在保护农民工权益时仍显得有些力度不够。
