1、 微生物处理固体废弃物一般采用①好氧堆肥或者②厌氧消化技术。我们以厌氧消化技术处理固体废弃物（如猪粪等养殖场废弃物）进行解释。厌氧消化一般可分为三阶段，称之为三阶段理论。
2、 第一阶段，水解和发酵。在这一阶段中复杂有机物在微生物(水解发酵攵沲跖演菌)作用下进行水解和发酵。将固体的有机颗粒物水解为较小的有机物溶解于水中，再将溶于水的这些有机物如多糖，蛋白质以及脂肪等鹈啷苔垦水解为小分子物质。其中多糖（淀粉，纤维素等）先水解为单糖（葡萄糖等），再通过酵解途径进一步水解生成乙醇和脂肪酸等。蛋白质则先水解为氨基酸，再经脱氨基作用产生脂肪酸和氨。脂类转化为脂肪酸和甘油，再转化为脂肪酸和醇类。
3、 第二阶段，产氢、产乙酸（即酸化阶段）。在产氢产乙酸菌的作用下，把除甲酸、乙酸、甲胺、甲醇以外的第一阶段产生的中间产物，如脂肪酸（丙酸、丁酸）和醇类（乙醇）等水溶性小分子转化为乙酸、H2和CO2。
4、 第三阶段，产甲烷阶段。甲烷菌把甲酸、乙酸、甲胺、甲醇和（H2+觊皱筠桡CO2）等基质通过不同的路径转化为甲烷，其中最主要的基质为乙酸和（H2敫苻匈酃+CO2）。厌氧消化过程约有70%甲烷来自乙酸的分解，少量来源于H2和CO2的合成。
5、 通过三阶段中各种微生物的协同作用，将固体废弃物中的有机物转化为沼气，从而实现了固体废弃物的资源化，减量化以及无害化处理。
