1、双重角色与单一角色的不同网络货运兼具中介组织和实际承运人两个角色，是具有双重属性的一类商业组织形态，而货运代理人仅仅是中介组织的角色。对于货主来说，网络货运是承运人； 而对于实际的承运人，网络货运同时也货主。网络货运在运输中可以自己拥有运输凭证，而货运代理人则没有。
2、收取费用的不同在运输全过程中，网络货运需要以承运人的身份向货主收取全额运输费用，然后委托实际的承运人进行运输，扣除向实际的承运人所支付的运输费用，网络货运赚取是两者之间的运费差价，或称之为管理费。而货运代理只收取服务中介费，不发生收全款、付运费的财务业务。
3、法律责任的不同由于网络货运在运输中签发了运输凭证，所以在运输过程中要对货物的损坏、灭失、迟延交付承担第一责任人的法律责任。货运代理人在货物在运输的过程中，承担的是相关责任人的法律责任，若出现货物损失，只要货运代理人能够证明自身没有过失行为，那么他对货主就不承担任何的赔偿责任。
