1、申请风险增加在我们申请组合商标的时候，风险会比较大。对于中文商标、字母商标和图形商标等要素组合商标，商标局会将商标拆开来，对各构成要素分别进行审查，当其中只要有一个元素和别人在先商标中元素相同或是近似，那整个组合商标都会被一起驳回。
2、组合申请使用不方便组合商标申请就算是通过了，使用起来不灵、不方便。一般客户都会认为组合商标形象生动，利于宣传，平时宣传通常是组合形式，但殊不知商标若组合申请，则在使用的时候必须要耘资诡拨组合起来使用，不能拆开，也不能换位，;而如果是分开来申请注册那使用起来就非常的灵活，各要素即可独立使用，也可以变着花样组合使用，位置随意更改。
3、审查时间增加一般来说，组合商标申请，对比其他商标申请，相对来说会较慢。因为根据商标局的审查规则，该组合商标的每一个部分都要分开来审查，自然单个商标的审查工作量而导致审查效率降低，而单独申请则互相不影响。
4、费用问题在短时间内去看，组合商标申请费用少，单独商标申请的费用多，但若是从长远考虑单独要素单独注册的效益要相对高很多。有些客户认为，商标各要素组合申请为一个商标，只要花费一份商标的费用，而如果分开申请就要花好几倍的费用。这样看来，虽然表面上成本增加，单在实际使用过程中产生的无形效益是要远远大于分开注册的这笔费用。
