肉豆蔻味辛性温，杨钭维程属补益药。主要功用是燥脾。暖胃、涩肠。常用于温脾止泄、温胃行气。
温脾止泄：
对于脾胃虚寒所致的久泄、久痢，肉豆蔻有温脾燥湿、涩肠止泄的作用。常配合党参、白术，茯苓，诃子、木香，芡实、砂仁等同用。肉豆蔻对“五更泄”（每日清晨泄肚）效果最好。五更泄为脾肾虚寒所致，肉豆蔻能温脾燥湿。涩肠，常配合吴莱萸，五味子，补骨脂同用（这四味药旧名“四神丸”，是治五更泄最常用的药方）。
温胃行气：
肉豆蔻功能温胃助消化、下气消胀，对中焦虚寒所致的食物不化、食欲不振、胃脘胀痛等症，常以本品配合木香，良姜、砂仁、香附，半夏，厚朴、枳壳等同用。据近代研究证明，本品所含之挥发油，能增进胃液分泌及胃肠蠕动而有开胃促进食欲，消胀止痛的功效。但用大量反有抑制胃液分泌、胃肠蠕动的作用。故用于温胃行气，开胃进食时，用量宜轻（五分至一钱半），用于温脾止泻时，用量宜重些（三至四钱）。
最后：
益智仁与肉豆蔻均能燥脾，但益智仁偏用于脾湿多诞，并能补肾缩小便而治遗尿。肉豆蔻偏用于脾虚泄泻，并能温胃行气。
补骨脂与肉豆蔻均能治泄泻，但补骨脂温补肾阳而治肾虚寒所致的大便溏泻。肉豆蔻温脾燥湿而治脾虚寒所致的肠滑便泻。
用量一般为五分至三钱。有实热火邪者忌用。
