1、物理消毒是最安全稳妥的，利用自然界物理原理便能够杀死病菌和有害生物。物理消毒常见的做法就是自然净化，比如让滦孱鲤妊羊的一些常用工具拿出去暴晒，利用高温灭菌，在给羊剪毛的时候，剪毛的剪刀等工具需要高温煮沸，保证病菌不残留。这些方式消毒，效率比较高，且对人对羊都没任何伤害性。缺点就是不是每个羊舍的东西都可以采用这方法，有些无法操作的地方可能有病菌和寄生虫存在。
2、化学消毒的意义在于投入针对性的药剂，用便捷的设备进行操作，让难以消除的病菌被杀死。比如羊毛中的寄生虫、潮湿草垫下的有害霉菌，都可以用化学手段，利用药物解决。定期的药浴羊只和消毒水喷洒羊舍，对羊群的健康发展有很重要的作用。这种方法的缺点就是消毒药剂有一定的毒性，一定要把握好量的取用度，以及使用的方式方法，谨慎操作，不要误伤了羊只，造成更不好的后果。
3、这种方法一般应用在废弃物的再利用比较多，比如羊粪羊尿排污处理，就是利用生物菌的热消毒作用，氧化发酵，使得羊场环境更加优质。这种方式的缺点就是成效比较慢，长期用这种方法可能是一直无用的消耗。但好处就是成本低，不用过多投入，比较适合家养羊的牧场主。但是操作过程要注意因地制宜，根据不同的环境进行不同的消毒处理。
